Primer dato histórico en el Siglo XVI

En el año 1575, la Orden de los Terciarios Franciscanos, se traslada a su sede actual, el Convento llamado San Antón el Nuevo, y se establecen, en el mismo, las cofradías que ya existían en el emplazamiento primitivo, entre ellas, la de la Sagrada Oración de Nuestro Señor Jesucristo en el Huerto de los Olivos. La Cofradía tenía capilla propia, recibiendo culto la imagen del Señor de la Oración en el Huerto hasta nuestros días, y realizando cultos externos, hasta el primer cuarto del siglo XX. También hacía un Vía Crucis o Estación de Penitencia a las Vías Sacras, situadas en la otra orilla del Río Genil, (Ermita del Pretorio y del Santo Sepulcro). Las cofradías de este período, fueron advertidas de ciertos excesos, a través de las Constituciones Sinodales del Arzobispo Don Pedro Guerrero del año 1572, ya en el año 1597, el Arzobispo Don Pedro de Castro, suspendió temporalmente de actos externos a todas, excepto Veracruz, Angustias y Soledad. En ese mismo año, y en una relación de hermanos, en donde figuran más de 600, aparece el escribano Juan del Río, como Mayordomo de la Cofradía de la Oración en el Huerto.