Desamortización en el Siglo XIX

En 1835, la Desamortización iniciada durante la Regencia de la Reina María Cristina de Borbón y desarrollada por el Ministro Juan Álvarez Mendizábal, afectó a las propiedades de las Órdenes Religiosas, los Terciarios Franciscanos se tienen que ir del Convento de San Antón, siendo ocupado por la orden de Clarisas Capuchinas. La Cofradía de la Oración de nuestro Señor Jesucristo en el Huerto de los Olivos, permaneció en su capilla propia del Convento de San Antón.

La Desamortización de forma metódica, jurídica y real, despoja a las Ordenes Militares y Religiosas, de sus bienes acumulados en siglos de existencia. En 1855 el Ministro Pascual Madoz es el que la lleva a cabo, desapareciendo muchos conventos para convertirse en plazas, calles y organismos públicos y siendo vendidos al mejor postor los bienes urbanos y agrícolas de estas instituciones religiosas. Mas adelante, en los últimos años del siglo XIX, nuevas Ordenanzas, hacen que definitivamente, las cofradías, cayeran en gran decadencia,  manteniéndose, a duras penas, los cultos internos.