El retablo mayor es una magnífica construcción de principios del XVIII, junto a dos altares auxiliares y el púlpito todos del mismo estilo, son producto de la dote que generosamente entregó al Monasterio una Comendadora. Está concebido para la Manifestación y Adoración del Santísimo con puertas cóncavas rodantes, en el camarín central está la imagen de la titular de la casa Santa María Madre de Dios, imagen de vestir que porta en su mano izquierda al Niño Jesús y en la derecha un cetro, es de autor anónimo de finales del XVII.
A ambos lados en dos pequeñas hornacinas figuran dos imágenes, San Juan Evangelista de Alonso de Mena del siglo XVII y otra del siglo XVI de Santiago el Mayor de Pablo de Rojas. En las calles laterales del retablo flanqueado por elegantes y decoradas columnatas salomónicas, está la imagen de Santiago Peregrino, del siglo XV y de factura anterior a la Conquista de Granada y posible origen castellano, ha figurado por su importancia en varias exposiciones de alcance nacional , entre ellas “Las Edades de Hombre”, en la otra parte del retablo está la imagen de San Agustín atribuida a Bernabé de Gaviria, siglo XVII, del que posiblemente sean también el Padre Eterno que corona el retablo y las imágenes de la Fe y de la Esperanza que lo flanquean. En el centro del manifestador un crucifijo barroco, de tamaño menor que académico y posiblemente de taller genovés. En las paredes del presbiterio a ambos lados del retablo hay dos grandes pinturas de buena factura y del siglo XVII que representan a los Reyes Católicos.
